Er gehörte der ersten Generation der österreichischen Nachkriegsarchitekten an, die in den 1950erJahren den Anschluss an die internationale Moderne suchten und dabei die österreichische Traditionslinie einer eigenen Moderne für sich entdecken, die mit den Namen Otto Wagner, Adolf Loos und Josef Frank verknüpft ist. Anton Schweighofer war ein hervorragender Entwerfer, dem es – wie den genannten – immer zuerst um das Konzept ging und erst danach um die Form. Seine bekanntesten großmaßstäblichen Werke, die Stadt des Kindes in Wien und das Krankenhaus in Zwettl, beide aus den 1970er Jahren, symbolisierten die Hoffnung auf eine bessere wohlgeordnete Welt. Regulierende Raster, die zwischen der großen Ordnung und den kleinsten Elementen vermittelten, waren bei Schweighofer nie schematisch und starr, sondern harmonisch und offen. Das Haus als Stadt zu verstehen und die Stadt als Haus und beide auf die Bedürfnisse und Sehnsüchte der Haus- und Stadtbewohner auszurichten, war ihm ein zentrales Anliegen. Schweighofer war ein interdisziplinärer Geist, der sich intensiv mit Literatur  und Philosophie beschäftigte. 1965 gründete er mit Freunden die Österreichische Gesellschaft für Architektur, die den Architekturdiskurs in Österreich vor allem in ihrem ersten Jahrzehnt maßgeblich beeinflusste.

1977 wurde Schweighofer an die TU Wien und auf den Lehrstuhl für Gebäudelehre berufen. Er füllte dieser Rolle mit einer Leidenschaft für die Sache aus, die ansteckend wirkte. Die Wende zur Postmoderne in den 1980er Jahren vollzog er auf eine sehr spezifische Art, wiederum nicht formal, sondern konzeptionell. Die Freiheit zu nutzen, die sich aus dem Ende der großen Erzählungen ergab, ist ihm nicht schwer gefallen: Rationalismus hatte für Schweighofer nie die Reduktion von Komplexität bedeutet, sondern schon immer die Suche nach komplexen Antworten. Mehrfache Lesbarkeit ist das Prinzip, dass Schweighofers Architektur in diesen Jahren prägt. Mit dem Konrad-Lorenz-Institut am Wilhelminenberg gelang es ihm, einen über Jahre gewucherten Bestand zu ergänzen und in eine neue Ordnung zu überführen. Sein eigenes Wohnhaus in St. Andrä-Wörden ist im Grundriss ein von der Modul-Architektur inspirierter Monumentaltyp, der aber komplett als raue Holzkonstruktion errichtet ist und damit in der direkten Begegnung alles Monumentale abwirft und zur Hütte wird. Für die Landeshauptstadt St. Pölten schlug Schweighofer vor, das Regierungsviertel über dem Bahnhof zu errichten, eine visionäre Idee, die die Stadt und ihre neue Aufgabe verschränkt hätte, statt sie voneinander zu isolieren. Auch im sozialen Wohnbau setzte Schweighofer Maßstäbe, mit dem Haus in der Manteuffelstraße in Berlin, den Häusern auf dem Gräf-und-Stift-Gründen, in der Kaiserebersdorfer Straße und den Stadtvillen in der Gatterburggasse in Wien: Komplexe Grundrisse als Reaktion auf neue Lebens- und Wohnentwürfe.

In der Wissenschaft galt Schweighofers Interesse der eingangs erwähnten Traditionslinie der österreichischen Moderne, insbesondere dem Werk von Adolf Loos. Für die große Loos-Ausstellung 1991 entstanden unter seiner Anleitung Rekonstruktionen und Modelle der wenig bekannten öffentlichen Großbauten von Adolf Loos. Schon lange vor dem Fall des Eisernen Vorhangs hatte Schweighofer Kooperationen mit Personen und Institutionen in Tschechien und der Slowakei, in Slowenien und Kroatien geknüpft, die auch den Studierenden auf zahlreichen Exkursion in diese Länder neue Einsichten ermöglichten.

Architektur als soziale Kunst zu verstehen, blieb Schweighofers Lebensthema. Seine beiden letzten größeren Werke, dass Studentenheim am Erlachplatz und die Geriatrie im Kaiser-Franz-Josef-Spital, sind dafür exemplarisch. Ihr gemeinsames Anliegen ist, Selbstbestimmung anzuregen und von dort aus Gesellschaft zu ermöglichen. „Freiheit“, hat Anton Schweighofer einmal gesagt, ist mir wichtiger als Harmonie. Das galt nicht nur für ihn persönlich, sondern auch für seine Architektur, die nie bequem sein wollte. Mit Anton Schweighofer verlieren die TU Wien und die Architekturwelt einen großen Architekten, von dem man das Denken und das Bauen lernen konnte.