Seine wissenschaftliche Karriere begann Christoph Fabjan nach dem Studium der Technischen Chemie und dem Doktorat als Universitätsassistent am seinerzeitigen Institut für Technische Elektrochemie, heute Teil des Instituts für Chemische Technologien und Analytik. Nach Habilitation und Ernennung zum Außerordentlichen Professor (1977/78) war er im Zeitraum von 1989 bis 2000 wiederholt als Institutsvorstand tätig. 1999 wurde er zum Universitätsprofessor ernannt.

In den Jahrzehnten seiner Forschungs- und Lehrtätigkeit galt sein besonderes Engagement der elektrochemischen Energieumwandlung und -speicherung. Seine Forschungsarbeiten waren demgemäß nahezu ausschließlich der Erforschung und Entwicklung neuer Batteriesysteme und Brennstoffzellen gewidmet.

Lange vor Beginn der aktuellen Sorge um Klimaveränderungen war er ein engagierter Verfechter der Einführung elektrischer Antriebe für Straßenfahrzeuge als energieeffiziente und weitgehend emissionsfreie Alternative zu Verbrennungskraftmaschinen.

Generationen von Studierenden vermittelte er die theoretische Basis sowie umfassendes technisches Detailwissen zur Entwicklung moderner Speicherbatterien und Brennstoffzellen, welche heute als Energiequellen für eine steigende Anzahl von Elektro- und Hybrid-Fahrzeugen dienen. Es war ihm in den letzten Lebensjahren noch vergönnt, die zunehmende Bedeutung dieser Technologien, denen er sein wissenschaftliches Wirken gewidmet hatte, im Verkehrswesen mitzuerleben.